Déplacer root (/) et boot de disque dur.
Booter sur un live CD/USB.
En root.

Dans gparted, créer une table des partition (msdos) et créer les partitions voulues (/ et swap dans mon cas), les formatter (ext4)

mkdir /media/old
mkdir /media/new

mount /dev/sdxy /media/old
mount /dev/sdwz /media/new

rsync -avHX /media/old/ /media/new/

Récupérer les uuid des nouvelles partitions :
blkid /dev/sdwz (pour root, swap, ...)

Editer /media/new/etc/fstab et mettre à jour les uuid avec celle des nouvelles partitions.

mount --bind /proc /media/new/proc
mount --bind /sys /media/new/sys
mount --bind /dev /media/new/dev
mount --bind /run /media/new/run
chroot /media/new

grub-install /dev/sdwz
update-grub